Das Krankenhaus Weilheim ist mit 160 Betten das kleinere der beiden Häuser der Krankenhaus GmbH.

Mit der Klinik für Innere Medizin und den chirurgischen Kliniken sowie der Klinik für Anästhesie und Intensivmedizin und der Klinik für Gynäkologie und Geburtshilfe bietet das Krankenhaus Weilheim ein breites medizinisches Spektrum. Zu den chirurgischen Kliniken zählen die Allgemein- und Viszeralchirurgie, die Unfallchirurgie und Orthopädie und die Gefäßchirurgie.

Die Hauptschwerpunkte der Klinik für Innere Medizin bilden die Kardiologie und die Gastroenterologie. Die Kardiologie verfügt seit 2007 über ein Herzkatheterlabor, das 24 Stunden einsatzbereit ist, um insbesondere Patienten mit einem akuten Herzinfarkt die heute übliche Notfallbehandlung garantieren zu können. Zu den Kernkompetenzen der Gastroenterologie gehört die Diagnostik und Therapie von Erkrankungen des Magen- Darmtraktes, der Leber und der Bauchspeicheldrüse. Hinzu kommt die interdisziplinäre Betreuung von Tumorpatienten. Ebenso wie in Schongau wird auch am Krankenhaus Weilheim eine hochwertige Akutversorgung für Schlaganfallpatienten gewährleistet. Diese erfolgt leitliniengerecht im Rahmen einer telemedizinischen Kooperation (TESAURUS) mit dem Zentralklinikum Augsburg. Belegärzte in den Bereichen Gynäkologie, HNO und Orthopädie ergänzen das medizinische Spektrum.